Les grandes cultures ainsi que les productions maraîchères présentent de nombreuses maladies qui sont causées par des organismes pathogènes bactériens, fongiques ou d’autres organismes eucaryotiques. Ces organismes peuvent être combinés sur des tissus affectés, ce qui complexifie la démarche de diagnostic. Pour diagnostiquer ces maladies, le processus décisionnel fait actuellement intervenir des techniques conventionnelles de microbiologie, d’observation, d’immunologie et de détection moléculaire. Pour parvenir à un diagnostic, il est souvent nécessaire de multiplier les tests moléculaires, mais leurs mises au point impliquent du temps et des financements importants et présentent des limitations par rapport aux sondes moléculaires utilisées. En couplant les informations taxonomiques disponibles et en utilisant les plus récentes stratégies de filtration des données de séquençage, il est désormais possible d’évaluer des venants génétiques uniques qui peuvent identifier précisément des organismes pathogènes. 

Ce projet est réalisé sous la responsabilité scientifique de Richard Hogue.