Nouvelle approche moléculaire pour la détection simultanée des virus pathogènes aux framboisiers et aux fraisiers
Expert(s) impliqué(s)
- Richard Hogue
Durée du projet
2019 - 2023
Secteur(s) de production
- Petits fruits
Domaine(s) de recherche
- Protection des plantes - Maladies
Description
Le projet utilisera les techniques de séquençage de haut débit (SHD) pour développer un processus de détection et d’identification des virus (PDIV). Les techniques SHD combinées à des outils d’analyses bio-informatiques innovants permettra de transmettre au phytopathologiste, via une interface conviviale, un verdict quantitatif qui détecte et identifie, en une seule analyse tous les virus qui infectent un échantillon.
Pour assurer la détection et l’identification précise de tous les virus des framboisiers et des fraisiers, le projet développera une base de données et des collections d’échantillons virosés, lesquelles serviront lors des essais visant à démontrer l’efficacité diagnostique supérieure du PDIV comparativement à celle des protocoles de référence utilisés par le Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection (LEDP).
Une analyse économique comparera les coûts d’implantation et d’utilisation des tests LEDP et du PDIV, et les gains obtenus de l’application du PDIV.
Ce projet est réalisé sous la responsabilité scientifique de Richard Hogue.
Objectif(s)
- Développer une méthodologie de détection moléculaire rapide et sensible qui assure l’identification précise des virus des framboisiers et des fraisiers.
- Développer une collection d’échantillons virosés et des séquences génomiques de chaque virus ciblé.
- Comparer l’efficacité des méthodes diagnostiques actuelles à celle du PDIV.
- Comparer les coûts d’utilisation et d’implantation des méthodes diagnostiques actuelles et du PDIV.
- Former le personnel du Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection du MAPAQ et d’autres utilisateurs potentiels à l’emploi du PDIV, de sa base de données et de son interface conviviale.
Partenaires du projet
Ce projet a été réalisé en vertu du sous-volet 2.2 du programme Prime-Vert 2018-2023 et il a bénéficié d’une aide financière du ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation (MAPAQ).
Centre de recherche du CHU de Québec | Ferme Onésime Pouliot |Phytoclone
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