Deux méthodes principales sont actuellement utilisées pour identifier la composition des banques de graines du sol, soit la méthode d’émergence des plantules (qui consiste à mettre en culture des sols, en serre par exemple, et à identifier les plantules se développant) et la méthode par microscopie (qui consiste à extraire les graines du sol par tamisage, puis à les identifier directement). Ces méthodes exigent toutefois énormément de temps, demandent une expertise pointue, ou possèdent différents biais méthodologiques^1,2. Les outils moléculaires ont le potentiel de répondre à ces enjeux en permettant à partir d’un échantillon de sol d’identifier les espèces présentes sous forme de graines, ainsi que leur abondance relative, sur la base de l’ADN environnemental. Ce projet vise ainsi à développer une preuve de concept pour valider la pertinence des outils moléculaires pour obtenir une quantification des banques de graines de mauvaises herbes dans les sols agricoles, qui soit à la fois rapide et fiable comparativement aux méthodes classiques. Ultimement, ce projet fournira au LEDP les outils métagénomiques nécessaires pour diversifier son offre de services et offrir aux producteurs et conseillers agricoles des méthodes innovantes pour évaluer les banques de graines des sols cultivés, afin d’optimiser le contrôle des mauvaises herbes.

¹ Mahé et al. 2020. Soil seedbank: Old methods for new challenges in agroecology? Annals of Applied Biology, 178 (1): 23-38. – ² Price et al. 2010. Comparison of seedling emergence and seed extraction techniques for estimating the composition of soil seed banks.

Ce projet est réalisé sous la responsabilité scientifique de Bérenger Bourgeois (Département de phytologie, Université Laval).